Een AI-softwareprogramma van Google DeepMind biedt wetenschappers een krachtig nieuw hulpmiddel om te voorspellen hoe eiwitten werken. Deze nieuwe aanpak is in staat om onderzoek aanzienlijk te versnellen. In plaats van jaren in het laboratorium door te brengen met het bestuderen van een eiwit, kunnen onderzoekers nu binnen enkele minuten resultaat krijgen.
Terwijl eerdere versies van de software konden modelleren hoe de strengen aminozuren die een eiwit vormen, zich in zijn uiteindelijke 3D-vorm vouwen, onthult de nieuwe versie (AlphaFold 3) hoe gevouwen eiwitten binden en interageren met een groot aantal andere moleculen, waaronder DNA, RNA en andere eiwitten. En juist dat samenspel bepaalt de rol van een eiwit in de cel. Als we dat begrijpen, kunnen wetenschappers medicijnen ontwerpen die de functie van een eiwit kunnen blokkeren of juist stimuleren.
Om het gebruik van deze methode (en de acceptatie daarvan) aan te moedigen, hebben de DeepMind-onderzoekers AlphaFold Server uitgebracht, een gratis online platform waarmee gebruikers AF3-modellen kunnen maken van eiwitten die interageren met bijna elk ander biomolecuul.
Deze server stelt getrainde onderzoekers in staat om eenvoudig de gewenste aminozuursequentie in te voeren, samen met de nucleïnezuursequentie van een DNA- of RNA-streng of de formule van een medicijn met een klein molecuul. Binnen enkele minuten genereert de software afbeeldingen van hoe ze waarschijnlijk op elkaar inwerken, evenals betrouwbaarheidsscores die de waarschijnlijkheid dat het model correct is, weergeven.
